Librerias con dependencias incumplidas

Toy teniendo unos problemas a raiz de querer instalar el amsn 0.96RC1, he instalado unas librerias que necesitaba pero creo que me adelante demasiado, os pongo los que me sale al ejecutar apt,:

Los siguientes paquetes tienen dependencias incumplidas:
cpp-4.0: Depende: gcc-4.0-base (= 4.0.1-4ubuntu9) pero 4.0.3-1ubuntu5 va a ser instalado
gcc-4.0: Depende: gcc-4.0-base (= 4.0.1-4ubuntu9) pero 4.0.3-1ubuntu5 va a ser instalado
gij-4.0: Depende: gcc-4.0-base (= 4.0.1-4ubuntu9) pero 4.0.3-1ubuntu5 va a ser instalado
libgcj6: Depende: gcc-4.0-base (= 4.0.1-4ubuntu9) pero 4.0.3-1ubuntu5 va a ser instalado

Y cuando abro el synaptic me informa de que tengo paquetes rotos, pues bien esos 4 paquetes cuando intento eliminarlos o reinstalar me dice que van a ser elimandos 350mb y he podido comprobar que eso es casi todo el sistema :O, la verdad que espero que no sea muy grabe xq no quisiera tener que volver a empezar, ya me costo lo suyo abrirme camino haciendo pinitos con apache y demas.

Nota cuando analizo el sistema me salta este error:

Software index is broken

It is impossible to install or remove any software. Please use the package manager "Synaptic" or run "sudo apt-get install -f" in a terminal to fix this issue at first.

Saludos y espero me ayuden.