¿Respeta V3 lo anterior?

Si la instalo encima de la 2004, ¿me respetará las "cosillas" que tenía instaladas, como un juego de ajedrez, etc.?

No, la instalación se realiza desde cero. Lo que puedes hacer en la nueva instalación es instalar el directorio raíz / y el /home en particiones separadas de manera que cuando lleguen posteriores versiones puedas conservar por lo menos la configuración de los usuarios.

estoy leyendo en el foro que esta no es ya una debian. ¿Significa que no se usan los .deb para instalar?

Bueno lo que pasa es que la V3 está basada en Ubuntu Breezy, pero ésta se basa en Debian. Se siguen usando paquetes .deb y lo que habrás leído creo que irá en el sentido de que los repositorios de Debian y Ubuntu no se llevan del todo bien. Yo no te lo puedo asegurar porque no lo he probado pero la experiencia me dice que cuando se mezclan repositorios hay que tener un poco de cuidado.

Saludos